Когда я "устраивался" в институт, мне было нужно было сделать следующее:
Здравствуйте, Станислав.
Посмотрите, и попробуйте проанализировать выборку FoxA (HNF3) сайта.
Это формат базы Samples (HNF3_from_SAMPLES_Gorshkova.smp) из TRRD.
Кроме того, в качестве примера приведен файл в формате FASTA (HNF3_sh.fst).

А также пример внутреннего формата SEQ (pos.seq).
В нем:
IN 1 -номер класса в файле
PS Added n -комментарий
FN HNF3 binding site -название выборки
NA 53 -количество последовательностей в
выборке
LA 92 -длина выборки

Для начала, в качестве тренировки, проделайте вот такую последовательность:
1. Переведите выборку в FASTA или SEQ формат (оба конвертора Вам
понадобятся)
2. Разделите выборку на контроль и обучение 50/50 (пока можно вручную, потом
лучше использовать автоматическую процедуру).
3. Обучите весовую матрицу на обучающей выборке, оцените информационное
содержание позиций и посмотрите logo-представление (в графическом виде с
любого из веб-сайтов)
4. Скачайте с EMBL-сайта геномные последовательности хромосом человека (в
EMBL-формате) и постройте зависимость ошибок распознавания первого и второго
рода при распознавании на контроле (пока грубо можно рассматривать всю
геномную последовательность как негатив).
Это стандартный цикл несложного и законченного первичного
биоинформатического анализа, который даст Вам вводное представление о
материале.

Будут вопросы - пишите или звоните.
Олег.

Конечно, я понимаю, что никому из вас разбираться в этом даже в голову не придет, поэтому подробно расскажу что, зачем и как здесь делать. Расскажу и о том, что можно получить, используя знания и умения, которые я (и вы, если захотите) сейчас получаю.