Даже тех крайне скромных знаний, которые вы могли получить, сделав первые 3 задания по С++, практически достаточно для выполнения первого биоинформатического задания. Но тут уже хорошо бы по молекулярной биологии, цитологии и генетике что-нибудь знать :)

Когда я "устраивался" в институт, мне было нужно было сделать следующее:
Здравствуйте, Станислав.
Посмотрите, и попробуйте проанализировать выборку FoxA (HNF3) сайта.
Это формат базы Samples (HNF3_from_SAMPLES_Gorshkova.smp) из TRRD.
Кроме того, в качестве примера приведен файл в формате FASTA (HNF3_sh.fst).

А также пример внутреннего формата SEQ (pos.seq).
В нем:
IN 1 -номер класса в файле
PS Added n -комментарий
FN HNF3 binding site -название выборки
NA 53 -количество последовательностей в
выборке
LA 92 -длина выборки

Для начала, в качестве тренировки, проделайте вот такую последовательность:
1. Переведите выборку в FASTA или SEQ формат (оба конвертора Вам
понадобятся)
2. Разделите выборку на контроль и обучение 50/50 (пока можно вручную, потом
лучше использовать автоматическую процедуру).
3. Обучите весовую матрицу на обучающей выборке, оцените информационное
содержание позиций и посмотрите logo-представление (в графическом виде с
любого из веб-сайтов)
4. Скачайте с EMBL-сайта геномные последовательности хромосом человека (в
EMBL-формате) и постройте зависимость ошибок распознавания первого и второго
рода при распознавании на контроле (пока грубо можно рассматривать всю
геномную последовательность как негатив).
Это стандартный цикл несложного и законченного первичного
биоинформатического анализа, который даст Вам вводное представление о
материале.

Будут вопросы - пишите или звоните.
Олег.

Конечно, я понимаю, что никому из вас разбираться в этом даже в голову не придет, поэтому подробно расскажу что, зачем и как здесь делать. Расскажу и о том, что можно получить, используя знания и умения, которые я (и вы, если захотите) сейчас получаю.

Задание №3: Используя знания со слайдов (со второй презентации) распараллелить цикл в программе из 2го задания.
Задание №4: Написать программу, которая будет накладывать на png изображение фильтр (размытие, четкость или что-то еще - не важно). Для работы с png используйте libpng (у меня libpng-1.2.10.dll).

PS: Если совсем ничего не знаете по C++ (а это не страшно, я до сегодня ничего не знал :), то рекомендую пройти курс на intuit'е.

Итак, следующая пачка слайдов. Этих трех лекций нам хватит на первое время.

Задание №2: на входе текстовый файл, состоящий из символов A, T, G, C (можно в нижнем регистре). Нужно подсчитать количество повторов каждого из символов.
A, T, G, C - обозначают нуклеотиды: аденин, тимин, гуанин и цитозин.

Задание №1: научиться считывать в C++ строки из файла (для проверки можно выводить их на экран).

Сдавать ничего не надо, делаете исключительно для себя. Я, конечно, выложу "решение" (если его можно так назвать :)

А вот слайды со второй лекции. Тут уже информация более важная, так что почитайте все, поразглядывайте картинки, посмотрите код. Запоминать ничего пока не нужно.

Вот слайды с первой лекции по параллельному программированию с курсов, которые я сейчас прохожу, для того чтобы работать летом.
В целом, на первой лекции не было ничего интересного. Просто поглядите. И установите какой-нибудь c++ компилятор. Под виндой буду пользоваться Visual Studio 2008 (MSDNAAшная). Уже со второй лекции будут ДЗ (т.е. будем писать крутые проги).

PS: но это не та статья, про которую я говорил, когда речь была о биоинформатике.
PPS: вообще, в биоинформатике очень и очень много расчетов, и эти расчеты, как правило, однотипные. Поэтому там на каждом шагу применяется || программирование. Еще в комментах напишите, у кого видео карта CUDA поддерживает, и у кого НЕ многоядерные процы.