BLANCO


Главная » 2010 » Июль » 28 » .bioinf
.bioinf
22:42
Уверен, что еще со школы все помнят слова репликация, транскрипция и трансляция. Жизнь любой клетки не мыслима без этих процессов. Сейчас я немного расскажу, чем занимаюсь в институте.

Транскри́пция — процесс синтеза РНК с использованием ДНК в качестве матрицы, происходящий во всех живых клетках. Другими словами, это перенос генетической информации с ДНК на РНК. И в этот процесс вовлекаются различные белки, часть из которых являются транскрипционными факторами (такие белки непосредственно связываются с ДНК). Об этих транскрипционных факторах (ТФ) и пойдет речь.

Если очень просто, то все можно представить следующим образом: идёт транскрипция, в ней участвует много белков. Часть этих белков связаны с ДНК. Если смыть все лишнее, оставив только ДНК, то на ней также останутся ТФ. Те места, где сидят ТФ не случайны - это определенные последовательности, называемые сайтами связывания ТФ (ССТФ). Если мы просеквинируем (узнаем код ДНК) те участки, где сидит ТФ, мы сможем определить ССТФ. На деле к ССТФ слева и справа "приписаны" еще n нуклеотидов, так как мы не знаем точно где начинается и где кончается сайт связывания.

Теперь уже в информатике :)

Допустим, у нас есть 50 результатов экспериментов. То есть 50 последовательностей по 300 символов (a, t, g, c). Сам по себе сайт связывания определенного ТФ не одинаков у разных организмов, но тем не менее он отличается незначительно. Допустим, из 8 нуклеотидов может варьировать с разной вероятностью 3. Например: aatgaatg, aatcaatg и aatgaatc. Постоянная часть (консенсус): aatxaatx, где x = g или с.

Суть задачи такова: написать программу, которая обучившись на результатах экспериментов сможет 1) показать те самые 8 нуклеотидов, которые составляют так называемый консенсус, т.е. устойчивую часть; 2) проверять, содержит ли какая-то последовательность ССТФ.

Если отбросить всю биологическую составляющую, то получается вполне обычная прогерская задачка :)

Автор: Stasundr


Всего комментариев: 4
29.07.2010 Спам
4. Stasundr (Stasundr)
Именно так :) Генная инженерия этим и занимается. Почитай про синие розы, glofish или ГМО. Так же пытаются предсказать (и лечить) болезни и многое другое.

29.07.2010 Спам
3. DuffDodger (DuffDodger)
Я не силен с молекулярке..
Но мне интересно как устроен сам код ДНК. Это, как я понимаю, "исходник" человека, который теоретически можно развинтить, разобрать, изменить :D
Недавно думал свои безумные думы по этой теме.

29.07.2010 Спам
2. Stasundr (Stasundr)
На самом деле, долго объяснять :)
Если очень коротко, то мы сможем узнать на каких еще участках ДНК работает данный белок. Не такая бесполезная информация, как может показаться на первый взгляд )

28.07.2010 Спам
1. DuffDodger (DuffDodger)
Не совсем понял, зачем и что это даст?

Имя *:
Email *:
Код *:


2007 © Стасундр и Лёнич
Сайт управляется системой uCoz